مسعود پزشکیان پس از مراسم تنفیذ، محمدرضا عارف را به سمت معاون اول خود منصوب کرد و در حکمش نوشت: «میثاق مشترک ما، سند چشم‌انداز، سیاست‌های کلی و برنامه هفتم است که باید با تمام توان و جلب مشارکت و همکاری همگان و استفاده از همه ظرفیت‌ها در دستور کار قرار گیرد.»
انتخاب عارف برای این جایگاه با میثاق اجرای سیاست‌های کلی نظام و خامنه‌ای از دو جنبه موضع سیاسی و سبک مدیریتی او قابل توجه است.
عارف به عنوان یک سیاستمدار اصلاح‌طلب در دوره اول و دوم محمد خاتمی مطرح شد. او در مصاحبه‌ای با هفته‌نامه مثلث گفته بود اصلاح‌طلبی را با دیدگاه‌های خاتمی قبول دارد و خود را اصلاح‌طلب حکومتی معرفی کرد.
عارف در این مصاحبه تاکید کرده بود که «اصلاح‌طلبی در داخل نظام و برای پاسداری از ارزش‌ها و آرمان‌ها و اجرای کامل قانون اساسی است.»
این چهره اصلاح‌طلب خود را معتقد به خطوط قرمز نظام معرفی می‌کند و برای اثبات وفاداری خود می‌گوید: «باید در برخی موارد اجرایی در چارچوب نظام کوتاه آمد».
او همچنین گفته است که «در منش اصلاح‌طلبان و شخصیت‌هایی همچون خاتمی رودررویی با نظام هیچ‌گاه وجود نداشته است.»
کسانی که با او از نزدیک کار کرده‌اند اذعان می‌کنند که عارف بیش از آنکه اصلاح‌طلب باشد، مدیری تکنوکرات و اهل مباحث آکادمیک است که چندان سیاسی نیست و در امور سیاسی شخصیتی خنثی دارد. نزدیکی او به خاتمی نیز به ارادتی شخصی و زمان قبل انقلاب ۱۳۵۷، در محافل مذهبی یزد بازمی‌گردد؛ جایی که او در جلسات مذهبی منزل پدر خاتمی در یزد شرکت می‌کرد.
در زمان حضور او در سمت‌های آکادمیک از دانشگاه شریف در دهه ۱۳۶۰ تا ریاست دانشگاه تهران در سال‌های قبل از حضور در دولت خاتمی، هیچ موضع‌گیری سیاسی از عارف منتشر نشد. در عوض او کارگزار تابع نظرات شورای عالی انقلاب فرهنگی بود تا آنجا که خودش نیز در این شورا با حکم خامنه‌ای منصوب شد.
حتی در سال‌های اخیر اگرچه او در سمت رییس هیات مدیره بنیاد باران، زیر نظر خاتمی، فعالیت می‌کرد و یکی از منصوبان خامنه‌ای در مجمع تشخیص مصلحت نظام نیز بود، ولی از اظهارنظر سیاسی در موضوعات چالش‌برانگیز مختلف خودداری کرده و خود را بدون هیچ حاشیه‌ای تابع سیاست‌های کلی نظام جمهوری اسلامی نشان داده است.
نظرهای تابعانه و بی‌حاشیه عارف
عارف شخصیت مطرح و برجسته‌ای برای اهالی رسانه نیست و عملا به عنوان یک سیاستمدار جز در مواردی اندک، اظهارنظر نکرده است.
اظهارات عارف در برابر مسائل اجتماعی، مانند حقوق بشر و آزادی‌های مدنی، نیز محافظه‌کارانه بوده و او صرفا به بیان مواضعی کلی بسنده کرده است.
به عنوان مثال، با توجه به شخصیت و خاستگاه دانشگاهی او و انتظار برای اتخاذ مواضع فعالانه درباره سرکوب‌های دانشگاهی، در مورد برخورد با اعتراضات دانشجویان در جملاتی نه‌چندان سفت و سخت گفته است: «مسئولان دانشگاهی بهتر است تحمل پرخاش دانشجویان را داشته باشند».
او در مورد آزادی زندانیان سیاسی نیز نهایتا درباره میزان مشارکت انتخابات جمهوری اسلامی ابراز نگرانی کرده و گفته است که «حل بسیاری از مشکلات وابسته به انتخابات پرشور و مشارکت همگان است و امیدوار است که مسئولان زمینه این مشارکت را فراهم کنند، ما اگر در قدرت باشیم می‌توانیم زمینه آزادی زندانیان را فراهم کنیم.»
در اعتراضات سال ۱۳۸۸، عارف حتی خلاف اکثریت اصلاح‌طلبان موضع گرفت و گفت: «تنها می‌توان از تخلف انتخاباتی سخن گفت و نه تقلب انتخاباتی».
این چهره که اصلاح‌طلبان او را دارای شناسنامه اصلاح‌طلب می‌دانند، در زمستان ۱۳۹۲ در جمع دانشجویان دانشگاه تهران که خواهان رفع حصر میرحسین موسوی و مهدی کروبی بودند، گفت: «رهبر معظم انقلاب هیچ‌وقت آقایان موسوی و کروبی را به عنوان سران فتنه نام نبرده‌اند و راس فتنه را متوجه برخی کشورهای خارجی و معاند دانسته‌اند. هر کسی با توجه به دیدگاه و گرایش سیاسی که دارد می‌خواهد برای آقای موسوی و کروبی حکم صادر کند که این کار درستی نیست.»
این در حالی است که موسوی و کروبی با دستور مستقیم شخص خامنه‌ای به ایجاد «فتنه» متهم شدند و حتی خامنه‌ای مسئولیت خون معترضان را به گردن آن‌ها انداخت.
محافظه‌کاری عارف تنها در زمینه اظهاراتش در مورد مسائل داخلی خلاصه نمی‌شود. مواضع اندک او در حوزه سیاست خارجی نیز گویای محافظه‌کاری و نزدیکی او به سیاست‌های کلی نظام و خامنه‌ای است.
عارف در مورد اسرائیل گفته است که آن را به رسمیت نمی‌شناسد و در مورد رابطه با آمریکا نیز گفته است: «من حل مشکلات را در ایجاد رابطه با آمریکا نمی‌دانم، بلکه باید در داخل کشور خودمان، مشکلات را حل کنیم.»
در اینجا او حتی از اصلاح‌طلبان که خود متعهد به خامنه‌ای هستند نیز دور شده و به هسته سخت قدرت نزدیک می‌شود.
عارف در عین حال گفته است: «من اهل تعامل و مذاکره در چارچوب منافع ملی هستم و به جای چالش، به دنبال سازش خواهم بود تا همه در فضای آرام و صمیمی زندگی کنیم.»
بی‌عملی در مدیریت
پیرامون سبک مدیریت عارف نیز همواره نقدهای مختلفی مطرح بوده است. برخی از منتقدان معتقدند که عملکرد او در حوزه مدیریتی مطلوب نبوده است و به بی‌عملی شهرت دارد. در دوره سرپرستی شرکت مخابرات ایران در سال ۱۳۶۱ به همین دلیل پس از یک سال کنار گذاشته شد.
به گفته مدیران نزدیک به او در دولت هفتم و هشتم، او مدیری بدون خلاقیت و تابع است که تنها تلاش می‌کند موضوعات محوله را بدون هرگونه تنش با مقامات بالادستی فیصله دهد. همین مشی محافظه‌کارانه او در وزارت پست و تلگراف و تلفن در دوره اول محمد خاتمی و سکوت در برابر سهم‌خواهی نیروهای امنیتی، زمینه حضور گسترده سپاه را در این وزارت‌خانه در سال‌های بعد فراهم کرد.
به نظر می‌رسد همین مشی محافظه‌کارانه و فرمانبردار در مدیریت، سبب شد به عنوان معاون اول خاتمی در دوره دوم دولتش منصوب شود.
با در نظر گرفتن همین مواضع بی‌خطر و سبک مدیریتی خنثی و تابع از محمدرضا عارف، می‌توان درک کرد که چرا مسعود پزشکیان، او را به عنوان معاون اولش منصوب کرده است. جالب آن است که مواضع عارف حتی در مواردی محافظه‌کارانه‌تر از مسعود پزشکیان است. عارف حتی برخلاف پزشکیان، در مورد اعتراضات سال ۱۳۹۸ و قتل حکومتی مهساژینا امینی نیز موضعی چندان مورد توجه نگرفت.
شاید همین شخصیت عارف سبب موافقت رهبر جمهوری اسلامی با انتصاب او به سمت معاون اولی دولت پزشکیان شده است.